(S)-2-Amino-4-azidobutanoic acid hydrochloride ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีและพัฒนาผลิตภัณฑ์เภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนที่ถูกดัดแปลง ซึ่งช่วยให้สามารถศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีนได้ กลุ่มอะซายด์ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเคมีคลิก (click chemistry) ซึ่งอำนวยความสะดวกในการติดแท็กเรืองแสงหรือกลุ่มฟังก์ชันอื่นๆ สำหรับการถ่ายภาพและวัตถุประสงค์ทางวินิจฉัย นอกจากนี้ ยังนำมาใช้ในการพัฒนาระบบการส่งยาที่กำหนดเป้าหมาย โดยโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยในการสร้างตัวแทนบำบัดที่แม่นยำและมีประสิทธิภาพ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่สาขาการไบโอคอนจูเกชัน ซึ่งช่วยในการเชื่อมโยงชีวโมเลกุลสำหรับวัตถุประสงค์ทางทดลองและคลินิกต่างๆ