3-(Methoxymethyl)azetidine hydrochloride ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา สารนี้มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือ intermediate ในการผลิตสารประกอบที่มีโครงสร้าง azetidine ซึ่งเป็นโครงสร้างที่พบได้บ่อยในยาชนิดต่าง ๆ เช่น ยาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาท นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในกระบวนการปรับปรุงประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงของยา เพื่อลดผลข้างเคียงและเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษา