Bafilomycin C1 ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์ในฐานะสารยับยั้งที่แรงและจำเพาะต่อเอนไซม์ vacuolar-type ATPase (V-ATPase) คุณสมบัตินี้ทำให้มีคุณค่าต่อการศึกษากระบวนการทางเซลล์ที่เกี่ยวข้องกับการควบคุม pH เช่น autophagy การทำงานของไลโซโซม และการขนส่งภายในเซลล์ ในงานวิจัยด้านมะเร็ง มันถูกใช้เพื่อตรวจสอบบทบาทของ V-ATPase ในการรอดชีวิตของเซลล์มะเร็งและการดื้อยา เนื่องจากการยับยั้งเอนไซม์นี้สามารถรบกวนสภาพแวดล้อมที่เป็นกรดซึ่งจำเป็นต่อการลุกลามของมะเร็ง นอกจากนี้ Bafilomycin C1 ยังถูกนำมาใช้ในจุลชีววิทยาเพื่อศึกษากลไกการรอดชีวิตของพยาธิที่พึ่งพาการปรับ pH สำหรับการติดเชื้อ ความสามารถในการยับยั้งกิจกรรมของ V-ATPase ยังช่วยในการทำความเข้าใจโรคทางระบบประสาทที่เกี่ยวข้องกับความผิดปกติของไลโซโซม