2,6-Difluorophenylacetonitrile ใช้หลักในฐานะสารกลางในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตรต่างๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีอะตอมฟลูออรีนทำให้มีคุณค่าสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรที่เพิ่มขึ้น ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันมักถูกนำมาใช้ในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับยาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง โรคหัวใจและหลอดเลือด และการรักษาต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง โดยวงแหวนอะโรมาติกฟลูออรีนของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของสารเคมีเกษตรเหล่านี้ ความยืดหยุ่นของสารประกอบในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปสู่การพัฒนาสารเคมีพิเศษและเคมีภัณฑ์ละเอียดที่ใช้ในการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม