3-Chloro-4-fluorophenylacetonitrile ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการผลิตยารักษาโรคที่มีโครงสร้างโมเลกุลซับซ้อน นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนาสารเคมีใหม่ๆ ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น สารต้านมะเร็งหรือสารต้านจุลชีพ เนื่องจากมีกลุ่มฟังก์ชันไนไทรล์และฮาโลเจนที่สามารถทำปฏิกิริยาได้หลากหลาย ทำให้เป็นสารที่มีประโยชน์ในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี