ฟลูออเรสเซอิน บิส(ไตรฟลูออโรมีเทนซัลโฟเนต) ใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นแบบรีแอคทีฟในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมสีย้อมและโพรบเรืองแสง กลุ่มไตรฟลูออโรมีเทนซัลโฟเนตทำให้มีปฏิกิริยาสูง สามารถคอนจูเกตกับนิวคลีโอไฟล์ต่างๆ เช่น อะมีนหรือแอลกอฮอล์ เพื่อสร้างสารเรืองแสงที่ปรับแต่งได้ สารเหล่านี้ถูกนำไปใช้อย่างกว้างขวางในการถ่ายภาพทางชีวภาพ ทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้สำหรับติดตามกระบวนการในเซลล์ การแสดงภาพเนื้อเยื่อ หรือการศึกษาการโต้ตอบของโมเลกุล นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์สำหรับตรวจจับสารวิเคราะห์เฉพาะในงานศึกษาสิ่งแวดล้อมหรือชีวเคมี โดยอาศัยคุณสมบัติการเรืองแสงที่แรง ความหลากหลายของสารนี้ยังขยายไปสู่ศาสตร์วัสดุศาสตร์ ที่ซึ่งนำไปรวมในโพลิเมอร์หรือสารเคลือบเพื่อให้คุณสมบัติเรืองแสงสำหรับวัตถุประสงค์วินิจฉัยหรือติดฉลาก