6-Iodopyridin-2-amine ถูกใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษาโรค มีบทบาทสำคัญในการเตรียมอนุพันธ์ไพรีดิน ซึ่งมีความสำคัญในการค้นพบยาและเคมีทางการแพทย์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อน โดยมักทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ หมู่ไอโอดีนของมันทำให้มีคุณค่าในการทำปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม (cross-coupling reactions) ซึ่งช่วยให้เกิดพันธะคาร์บอน-คาร์บอนหรือคาร์บอน-ฮีเทอโรอะตอม สารเคมีนี้ยังถูกสำรวจในการพัฒนาวัสดุสำหรับออปโตอิเล็กทรอนิกส์เนื่องจากคุณสมบัติทางโครงสร้างของมัน