5-Iodoisobenzofuran-1,3-dione ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในทางเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารประกอบอื่น ๆ ผ่านปฏิกิริยาต่าง ๆ เช่น ปฏิกิริยาการแทนที่ด้วยไอโอดีน หรือปฏิกิริยาการเกิดพันธะคาร์บอน-คาร์บอน นอกจากนี้ ยังมีบทบาทสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ และสารประกอบที่ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียหรือต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงของสารที่สังเคราะห์ขึ้น