ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา โครงสร้างของมันช่วยให้เกิดการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกเพศในปฏิกิริยาออร์กานิก ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบอะโรมาติกที่ซับซ้อน นิยมใช้ในปฏิกิริยาครอส-คัปเปลิง เช่น Suzuki หรือ Heck เพื่อนำกลุ่มอะริลที่แทนที่ด้วยไตรฟลูออร์เมธอกซีและเมทอกซีเข้าไป นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยสำหรับการเตรียมอนุพันธ์ฟลูออรีนในเคมียารักษาโรค เนื่องจากหมู่ไตรฟลูออร์เมธอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึม เนื่องจากหมู่ฟังก์ชันที่มีอยู่ เช่น บรอมโม, เมทอกซี และไตรฟลูออร์เมทอกซี ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาต่อเนื่องได้ง่าย เช่น การแทนที่นิวคลีโอไฟล์หรือการเชื่อมพันธะคาร์บอน-คาร์บอนผ่านปฏิกิริยาคอปเปอร์หรือพัลลาเดียมคาทาไลซ์ นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างโครงสร้างของสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่ต้องการความจำเพาะสูง