3-Iodotoluene ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักสำหรับการนำกลุ่มทอลิล (tolyl) เข้าสู่โมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยา Suzuki และ Heck ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ อะตอมไอโอดีนของมันทำให้เป็นสารเคมีที่มีค่าการแลกเปลี่ยนฮาโลเจน สามารถช่วยในการเตรียมสารประกอบอะโรมาติกที่ไอโอดีนอื่นๆ