โดยหลักแล้วใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางที่หลากหลายในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการวิจัยทางเภสัชกรรม โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีทั้งอะตอมฟลูออรีนและไอโอดีน ทำให้มีคุณค่าต่อการนำฮาโลเจนเหล่านี้เข้าไปในสารประกอบเป้าหมาย ซึ่งช่วยให้สามารถพัฒนายาใหม่หรือสารเคมีเกษตรได้ อะตอมไอโอดีนช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้ง เช่น การจับคู่แบบซูซูกิหรือโซโนกาชิรา ซึ่งอำนวยความสะดวกในการสร้างห้องสมุดเคมีที่หลากหลาย นอกจากนี้ อะตอมฟลูออรีนยังสามารถเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบที่ได้ ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในเคมียารักษา การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่วิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งสามารถใช้ในการพัฒนาโพลิเมอร์หรือสารเคลือบพิเศษที่มีคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์หรือทางแสงโดยเฉพาะ