3-Methoxy-5-(piperidin-4-yl)phenylboronic acid ใช้ในงานสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างตัวยับยั้ง kinase ที่เล็งเป้าไปยังเส้นทางเซลล์เฉพาะ กลุ่ม boronic acid ของมันช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งเป็นวิธีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในการค้นพบยา

นอกจากนี้ ยังใช้ในการออกแบบโมเลกุลชีวภาพที่มีกิจกรรมสำหรับงานวิจัยในด้านมะเร็งวิทยาและโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท เนื่องจากความยืดหยุ่นของโครงสร้างและความสามารถในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพ