2-Chloro-6-methylpyridine-4-boronic acid ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลาง สารนี้มีบทบาทสำคัญในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนสำหรับโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารเคมีทางการเกษตร เช่น ยาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง กลุ่มโบรอนิกแอซิดของสารนี้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์อินทรีย์และวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการออกแบบโพลิเมอร์ขั้นสูงและเซ็นเซอร์