2-Methoxy-6-cyanopyridine-4-boronic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมี โดยเฉพาะในปฏิกิริยาคุปปลิง (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนิกแอซิดกับสารประกอบอาริลหรือวินิลฮาไลด์ สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น ยา สารกำจัดศัตรูพืช และวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ เนื่องจากมีความเสถียรและให้ผลผลิตสูง นอกจากนี้ยังอาจถูกนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ เพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงของยา