2-Fluoro-6-chloropyridine-4-boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมี โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้สร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบโรนิกแอซิดกับสารประกอบอะริลหรือไวนิลฮาไลด์ สารนี้มักถูกนำไปใช้ในการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งฟลูออรีนและคลอรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของโมเลกุล นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการวิจัยและพัฒนาวัสดุใหม่ๆ ในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรมอีกด้วย