Quinoxalin-6-ylboronic acid hydrochloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา cross-coupling แบบ Suzuki-Miyaura ปฏิกิริยานี้มีความสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน รวมถึงยาและสารเคมีเกษตรได้ กลุ่ม boronic acid ของมันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญที่อำนวยการ coupling กับ aryl หรือ vinyl halides ใน presence ของตัวเร่งปฏิกิริยา palladium นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในเคมียารักษาเพื่อพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพทางชีวภาพ เช่น สารต้านมะเร็ง ต้านไวรัส หรือต้านแบคทีเรีย ความเสถียรและ reactivity ของมันทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการค้นพบยาและการวิจัยทางวิทยาศาสตร์วัสดุ