ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิงแบบซูซูกิ-มิยะอุระ ซึ่งช่วยอำนวยความสะดวกในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนที่จำเป็นสำหรับการสร้างเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร กลุ่มโบรอนิกแอซิดของมันช่วยให้เกิดการคัปปลิงที่มีประสิทธิภาพกับอริลฮาไลด์ ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในเคมียารักษาเพื่อพัฒนายาใหม่ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบวัสดุอินทรีย์ขั้นสูงที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์เฉพาะเจาะจง โครงสร้างไอโซควิโนลินยังมีบทบาทสำคัญในกิจกรรมทางชีวภาพหลายอย่าง