1H-indole-6-boronic acid ถูกใช้ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการเตรียมอนุพันธ์อินโดลต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อปฏิกิริยาครอสคัปปลิงแบบ Suzuki-Miyaura ซึ่งช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนเพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน สารนี้ถูกนำไปใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมเพื่อพัฒนาผู้สมัครยาที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบอินโดลชีวภาพที่มีกิจกรรม นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และโพลิเมอร์ฟังก์ชันนัล กลุ่มโบรอนิกแอซิดของสารนี้ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่หลากหลาย ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในเคมียารักษาและชีวเคมี