5-Methoxypyridine-3-boronic Acid ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในปฏิกิริยา cross-coupling เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura สารนี้มีคุณค่าต่อการเตรียมโมเลกุลซับซ้อน รวมถึงเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร เนื่องจากมีกลุ่มฟังก์ชัน boronic acid ซึ่งช่วยอำนวยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์วัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และพอลิเมอร์ กลุ่ม methoxy และ pyridine ของมันช่วยเพิ่มความหลากหลายในการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และโครงสร้างเฉพาะ