2,6-Difluoro-3-formylphenylboronic acid ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยสารนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มักนำมาใช้ในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งมีความสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในการพัฒนายา โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีทั้งกลุ่มโบรอนิกแอซิดและกลุ่มฟอร์มิล ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่หลากหลาย ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพและวัสดุขั้นสูง นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์และโพรบ เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพเฉพาะ