Naphthalene-1,3,6-trisulfonic acid ใช้หลักในการผลิตสีย้อมและเม็ดสี กลุ่มซัลโฟนิกแอซิดของมันทำให้ละลายน้ำได้ดี ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างสารละลายสีย้อม สารประกอบนี้มักใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อะโซสีย้อม ซึ่งใช้กันอย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมสิ่งทอ กระดาษ และหนัง นอกจากนี้ยังเป็นวัตถุดิบเริ่มต้นสำหรับสารฟอกขาวเรืองแสง ซึ่งช่วยเพิ่มความสว่างให้กับผ้าและกระดาษ ความสามารถในการสร้างคอมเพล็กซ์ที่เสถียรกับโลหะยังทำให้มีประโยชน์ในแอปพลิเคชันเคมีวิเคราะห์บางอย่าง โดยเฉพาะการตรวจจับและแยกไอออนโลหะ