ใช้ในอุตสาหกรรมยาเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาหลายชนิด โดยเฉพาะยาที่มีโครงสร้างเป็นฟลูออรีนอะโรมาติก ซึ่งช่วยเพิ่มความสามารถในการดูดซึมของยาและเพิ่มความจำเพาะต่อเป้าหมายในร่างกาย นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ในห้องปฏิบัติการ เนื่องจากหมู่ฟลูออรีนช่วยปรับปรุงเสถียรภาพของโมเลกุลและลดการสลายตัวในตับ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายากำจัดศัตรูพืชและวัสดุพิเศษที่ซึ่งการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพ