ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมยาและสารเคมีเกษตร หมู่ฟังก์ชันอัลไคน์และคีโตนที่ทำปฏิกิริยาได้ช่วยให้สามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาการสร้างวงแหวน สร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก เช่น อินโดลและไพราซอล ซึ่งเป็นโครงสร้างหลักที่พบบ่อยในโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายาใหม่ที่มีฤทธิ์ต้านจุลชีพและต้านมะเร็งผ่านการดัดแปลง หมู่คลอโรฟีนิลช่วยเพิ่มลิโพฟิลิก ทำให้มีประโยชน์ในการปรับปรุงยาเพื่อเพิ่มการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์