ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีฟลูออรีนเป็นส่วนประกอบ ซึ่งมักพบในสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและสารกำจัดศัตรูพืช โครงสร้างที่มีกลุ่มทริฟลูออโรเอทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรภาพทางเคมีและความสามารถในการละลายในไขมัน ทำให้สารนี้เหมาะสำหรับการพัฒนายาที่ต้องการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ได้ดี นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อสร้างสารใหม่ที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น สารเรืองแสงหรือวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์