5-Chloro-2-methoxyphenyl isocyanate นิยมใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมผลิตยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากมีกลุ่มไอโซไซยาเนตที่สามารถทำปฏิกิริยากับสารประกอบอื่นๆ ได้ง่าย เช่น กลุ่มแอมโมเนียหรือแอลกอฮอล์ เพื่อสร้างสารประกอบยูรีเทนหรือยูเรีย นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการผลิตโพลิเมอร์และสารเคลือบผิวที่มีความทนทานต่อสารเคมีและสภาพแวดล้อม เนื่องจากคุณสมบัติทางเคมีที่ช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของวัสดุ