5-Isocyanato-2-methylpyridine นิยมใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีภัณฑ์ มักใช้ในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาและสารประกอบที่มีฤทธิ์ต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการสังเคราะห์โพลีเมอร์และวัสดุพิเศษที่ต้องการความทนทานและเสถียรภาพสูง เนื่องจากกลุ่มไอโซไซยาเนตในโครงสร้างสามารถทำปฏิกิริยากับกลุ่มไฮดรอกซิลหรือเอมีนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เกิดพันธะที่แข็งแรงและเสถียร