เบนซีนซัลโฟนิล ไอโซไซยาเนตใช้หลักๆ เป็นสารเคมีช่วยในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะสำหรับการนำกลุ่มซัลโฟนิลเข้าไปในสารประกอบต่างๆ มักใช้ในการเตรียมซัลโฟนาไมด์ ซึ่งมีคุณค่าต่อการประยุกต์ใช้ทางเภสัชกรรมเนื่องจากคุณสมบัติต้านแบคทีเรียและต้านเชื้อรา นอกจากนี้ ยังเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร สีย้อม และสารเคมีพิเศษอื่นๆ ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับเอมีนและแอลกอฮอล์ทำให้มีประโยชน์ในการปรับเปลี่ยนโพลิเมอร์และสร้างวัสดุที่มีการทำงานเฉพาะ ในงานวิจัย ใช้สำหรับการติดฉลากและการเชื่อมขวางชีวโมเลกุล ช่วยในการศึกษาการโต้ตอบและโครงสร้างของโปรตีน