ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิก โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากหมู่ไตรฟลูออร์เมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรและฤทธิ์ทางชีวภาพของโมเลกุล นิยมนำมาใช้ในการสร้างสารที่มีโครงสร้างเบนซีนหรือเฮเทอโรไซคลิกที่ต้องการคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความสามารถในการละลายในไขมัน ความต้านทานต่อการถูกย่อยสลายในร่างกาย หรือการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีวัสดุเพื่อพัฒนาสารใหม่ที่มีคุณสมบัติเฉพาะทาง