ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบฟลูออรีนที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมที่ดีขึ้น หมู่ฟังก์ชันทริฟลูออโรเอทอกซีและซัลโฟเนตทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนผ่านปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก ใช้กันทั่วไปในการเตรียมสารชีวภาพที่การแทนที่ฟลูออรีนช่วยปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเพื่อพัฒนาสารออกฤทธิ์ใหม่ที่มีเป้าหมายในการรักษาโรคทางระบบประสาทหรือโรคอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับออกแบบส่วนผสมออกฤทธิ์ใหม่ที่มีความเสถียรในสิ่งแวดล้อมและประสิทธิภาพที่ดีขึ้น โครงสร้างที่มีหมู่ทริฟลูออโรเอทอกซีช่วยเพิ่มความสามารถในการซึมผ่านของเยื่อหุ้มเซลล์และเพิ่มความเสถียรภาพของโมเลกุล ทำให้สารนี้มีประโยชน์ในการออกแบบยาที่ต้องการการดูดซึมดีและคงตัวในร่างกาย