ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าเชื้อรา หมู่ทริฟลูออโรเมทอกซีช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายในไขมันและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตโพลิเมอร์พิเศษและผลึกเหลวเนื่องจากคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ โดยโครงสร้างที่มีหมู่คาร์บอกซิลและหมู่ทริฟลูออโรเมทอกซีช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายในไขมันและเสถียรภาพของโมเลกุล ทำให้เหมาะสมสำหรับการพัฒนายาที่ต้องการออกฤทธิ์เฉพาะจุด เช่น ยาต้านการอักเสบหรือสารชีวภาพอื่น ๆ และสามารถนำไปใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์ เช่น การสร้างเอสเทอร์หรือแอมไลด์สำหรับศึกษาโครงสร้าง-กิจกรรมของสารออกฤทธิ์