ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โครงสร้าง pyridine ที่ fluorinated ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ lipophilicity ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มี bioavailability ดีขึ้น ใช้กันทั่วไปในการสร้าง herbicides และ fungicides เนื่องจากความสามารถในการปรับกิจกรรมเอนไซม์ในสิ่งมีชีวิตเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในเคมีเภสัชกรรมในการสร้างอนุพันธ์ fluorinated ในโปรแกรมค้นพบยา ซึ่งกลุ่ม difluoromethoxy และ fluorine ช่วยในการโต้ตอบการจับที่เหมาะสมและโปรไฟล์ความต้านทาน