5-Chloro-3-fluorobenzene-1,2-diamine ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน เช่น สารประกอบเฮเทอโรไซคลิกและสารประกอบอะโรมาติกที่มีฟังก์ชันเอมีน ซึ่งสามารถนำไปใช้ในการผลิตยาและสารเคมีทางการเกษตร นอกจากนี้ ยังใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สีย้อมและสารเรืองแสง โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมสิ่งทอและวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งคลอรีนและฟลูออรีนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเฉพาะทางที่สำคัญในการปรับปรุงคุณสมบัติของผลิตภัณฑ์ขั้นสุดท้าย