ใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยและพัฒนายา สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลยาต่าง ๆ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีทั้งกลุ่ม difluoro และ trifluoromethyl ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างสารประกอบที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น มักใช้ในการออกแบบยาต้านการอักเสบและยาต้านมะเร็ง โดยที่อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับและความเลือกสรรต่อเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับพัฒนายาฆ่าแมลงและวัชยาไม้อันก้าวหน้า โดยใช้ประโยชน์จากความสามารถในการเพิ่มประสิทธิภาพและความทนทานของส่วนประกอบที่ออกฤทธิ์ การประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุก็เด่นชัดเช่นกัน โดยเฉพาะในการผลิตสารเคมีพิเศษที่มีคุณสมบัติที่ปรับแต่งได้