ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์ยาที่มีฟลูออรีน โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพซึ่งมีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมเพิ่มขึ้น ส่วนของ difluoroacetic acid ในโครงสร้างช่วยเพิ่มความชอบไขมัน (lipophilicity) และความสัมพันธ์ในการจับ (binding affinity) ในสารประกอบยา ใช้กันทั่วไปในการเตรียมตัวยับยั้งโปรติเอสและตัวปรับตัวรับ เนื่องจากมีความสามารถในการเลียนแบบกลุ่มกรดคาร์บอกซิลิก ขณะเดียวกันก็ให้ความต้านทานต่อการย่อยสลายโดยเอนไซม์มากกว่า นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงใหม่ที่มีความคงตัวในสิ่งแวดล้อมเพิ่มขึ้นและความจำเพาะต่อเป้าหมาย