ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฟลูออรีน โครงสร้างของมันช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับกับสารออกฤทธิ์ ใช้บ่อยในการเตรียมยับยั้ง kinase และยาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านภาวะซึมเศร้า หรือยาปรับสมดุลทางจิตใจ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อออกแบบโมเลกุลชีวภาพที่มีความเสถียรต่อสิ่งแวดล้อมดีขึ้น ฟลูออรีนและหมู่เมธอกซีช่วยปรับแต่งคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์และ steric ในผลิตภัณฑ์สุดท้าย เนื่องจากหมู่ฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการผ่านเยื่อหุ้มเซลล์และเพิ่มความคงตัวของโมเลกุล