ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีละเอียด โดยเฉพาะในการพัฒนายาโมดูลเลเตอร์ตัวรับเอสโตรเจน ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการผลิตตัวลงควบคุมตัวรับเอสโตรเจนแบบเลือกเฉพาะ (SERDs) ซึ่งกำลังถูกศึกษาสำหรับการรักษามะเร็งที่ตอบสนองต่อฮอร์โมน เช่น มะเร็งเต้านม โครงสร้างแกนกลางนัฟทาลีนพร้อมการแทนที่ด้วยเมทอกซีและไฮดรอกซิเอทิลช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับเฉพาะเจาะจงกับเป้าหมายทางชีวภาพ ทำให้มีคุณค่าในงานวิจัยเคมียารักษา นอกจากนี้ อาจใช้ในการเตรียมโปรบเรืองแสงหรือสีย้อม เนื่องจากคุณสมบัติทางโฟโตฟิสิกส์โดยธรรมชาติของส่วนเมทอกซินัฟทาลีน