ไอโซพรีโนซีนถูกใช้หลักในฐานะสารกระตุ้นภูมิคุ้มกันเพื่อเสริมสร้างการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันของร่างกาย โดยมักถูกสั่งใช้รักษาการติดเชื้อไวรัส เช่น ไข้หวัดใหญ่ โรคเริม และหัด โดยช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของระบบภูมิคุ้มกันในการต่อสู้กับเชื้อก่อโรคเหล่านี้ นอกจากนี้ยังใช้ในการจัดการโรคสมองอักเสบหลังหัดแบบเฉียบพลันย่อย (SSPE) ซึ่งเป็นโรคทางระบบประสาทที่หายากและลุกลามที่เกี่ยวข้องกับหัด ไอโซพรีโนซีนยังถูกศึกษาวิจัยในการรักษาโรคอ่อนเพลียเรื้อรังและภาวะ autoimmune บางชนิดเนื่องจากความสามารถในการปรับสมดุลการทำงานของระบบภูมิคุ้มกัน การประยุกต์ใช้ยังครอบคลุมถึงการปรับปรุงอาการในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันบกพร่อง ช่วยให้ฟื้นตัวเร็วขึ้นและลดความรุนแรงของการติดเชื้อ