Ganciclovir sodium ใช้ในการรักษาโรคติดเชื้อไวรัสไซโตเมกาโลไวรัส (CMV) ในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ เช่น ผู้ป่วยที่ได้รับการปลูกถ่ายอวัยวะ ผู้ป่วยโรคเอดส์ หรือผู้ที่กำลังรับเคมีบำบัด มักใช้เพื่อป้องกันและรักษาการติดเชื้อ CMV ที่อาจทำให้เกิดภาวะแทรกซ้อนรุนแรง เช่น จอประสาทตาอักเสบ ปอดอักเสบ หรือการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในกรณีที่ผู้ป่วยมีความเสี่ยงสูงต่อการติดเชื้อ CMV หลังการปลูกถ่ายไขกระดูกหรืออวัยวะอื่นๆ การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิด เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงที่รุนแรงได้