วาลาไซโคลเวียร์ใช้ในการรักษาและจัดการการติดเชื้อไวรัสจากไวรัสเฮอร์ปีส์ (Herpes viruses) โดยมีประสิทธิภาพในการรักษาการติดเชื้อไวรัสเฮอร์ปีส์ซิมเพล็กซ์ (Herpes simplex virus) รวมถึงเริมที่อวัยวะเพศ (Genital herpes) เริมที่ปาก (Cold sores) และเริมที่ริมฝีปาก (Herpes labialis) นอกจากนี้ยังใช้จัดการงูสวัด (Herpes zoster) และป้องกันการกลับเป็นซ้ำของการติดเชื้อเหล่านี้ในบุคคลที่มีประวัติการเกิดโรคบ่อยครั้ง

ในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ เช่น ผู้ป่วย HIV หรือผู้ที่กำลังได้รับเคมีบำบัด วาลาไซโคลเวียร์มักถูกสั่งจ่ายเพื่อป้องกันหรือรักษาภาวะแทรกซ้อนที่เกี่ยวข้องกับเฮอร์ปีส์ นอกจากนี้ยังใช้ลดความเสี่ยงในการแพร่กระจายเริมที่อวัยวะเพศไปยังคู่นอนทางเพศเมื่อใช้เป็นการบำบัดป้องกันต่อเนื่อง

นอกจากนี้ วาลาไซโคลเวียร์ยังใช้ในการป้องกันการติดเชื้อไซโตเมกาโลไวรัส (Cytomegalovirus: CMV) ในผู้รับการปลูกถ่ายอวัยวะ ความสามารถในการยับยั้งการจำลองตัวของไวรัสทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการควบคุมและลดผลกระทบของการติดเชื้อไวรัสเหล่านี้