Nelfinavir ใช้เป็นยาต้านไวรัสในกลุ่ม protease inhibitors ซึ่งใช้ในการรักษาผู้ป่วยที่ติดเชื้อ HIV โดยการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์ protease ที่จำเป็นสำหรับการสร้างไวรัสใหม่ ทำให้ไวรัสไม่สามารถแพร่พันธุ์และเพิ่มจำนวนได้อย่างมีประสิทธิภาพ มักใช้ร่วมกับยาต้านไวรัสอื่นๆ ในรูปแบบการรักษาแบบ HAART (Highly Active Antiretroviral Therapy) เพื่อควบคุมการติดเชื้อและลดปริมาณไวรัสในร่างกาย นอกจากนี้ยังช่วยชะลอการพัฒนาของโรคเอดส์และยืดอายุของผู้ป่วย