อินดินาเวียร์ใช้ในการรักษาการติดเชื้อไวรัสเอชไอวี (HIV) โดยเป็นส่วนหนึ่งของยาต้านไวรัสที่เรียกว่า Highly Active Antiretroviral Therapy (HAART) ยานี้ช่วยยับยั้งการทำงานของเอนไซม์โปรตีเอสของไวรัส ทำให้ไวรัสไม่สามารถแบ่งตัวและแพร่กระจายในร่างกายได้อย่างมีประสิทธิภาพ การใช้ยานี้ช่วยลดปริมาณไวรัสในเลือด ช่วยให้ระบบภูมิคุ้มกันของผู้ป่วยฟื้นตัว และลดความเสี่ยงในการเกิดภาวะแทรกซ้อนที่เกี่ยวข้องกับโรคเอดส์ อย่างไรก็ตาม การใช้ยานี้จำเป็นต้องอยู่ในความดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิด เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงและจำเป็นต้องปรับขนาดยาให้เหมาะสมกับแต่ละบุคคล ผู้ป่วยที่ใช้ยาอินดินาเวียร์ต้องปฏิบัติตามตารางการให้ยาอย่างเคร่งครัดและดื่มน้ำให้เพียงพอเพื่อลดความเสี่ยงของนิ่วในไต ซึ่งเป็นผลข้างเคียงที่ทราบกันดีของยานี้