นิงนานมัยซินถูกใช้อย่างกว้างขวางในด้านการเกษตรเพื่อควบคุมโรคพืชที่เกิดจากไวรัส โดยเฉพาะในพืชเศรษฐกิจ เช่น พริก มะเขือเทศ และยาสูบ สารนี้ช่วยยับยั้งการแพร่กระจายของไวรัสในพืช ทำให้พืชมีสุขภาพดีและให้ผลผลิตที่ดีขึ้น นอกจากนี้ยังมีการใช้เพื่อป้องกันการติดเชื้อไวรัสในระยะเริ่มต้น ช่วยลดความเสียหายที่อาจเกิดขึ้นกับพืชผลทางการเกษตร นิงนานมัยซินยังเป็นที่นิยมเนื่องจากมีความปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อมและไม่เป็นอันตรายต่อมนุษย์หรือสัตว์เลี้ยง