สารละลายฟทาลาลดีไฮด์ใช้เป็นสารฆ่าเชื้อที่มีประสิทธิภาพสูง โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมทางการแพทย์และสุขภาพ มักใช้สำหรับการทำความสะอาดและฆ่าเชื้อเครื่องมือแพทย์ที่ไวต่อความร้อน เช่น กล้องส่องทางเดินหายใจ หรือเครื่องมือผ่าตัดที่ไม่สามารถผ่านความร้อนได้ เนื่องจากสารนี้สามารถฆ่าเชื้อแบคทีเรีย ไวรัส และสปอร์ของเชื้อราได้อย่างรวดเร็ว นอกจากนี้ ยังใช้ในห้องปฏิบัติการชีวภาพและห้องแล็บวิจัยเพื่อควบคุมการปนเปื้อนจากจุลินทรีย์ สารละลายนี้มีข้อได้เปรียบตรงที่ไม่ทิ้งคราบสีหรือกลิ่นแรงเหมือนสารฆ่าเชื้อชนิดอื่น เช่น กลูตารัลดีไฮด์ ทำให้เหมาะกับการใช้งานในพื้นที่ที่ต้องการความสะอาดสูง อย่างไรก็ตาม ควรใช้สารนี้ด้วยความระมัดระวัง เพราะอาจก่อให้เกิดการระคายเคืองต่อผิวหนัง ดวงตา และระบบทางเดินหายใจหากสัมผัสโดยตรง