Arteether ใช้เป็นยารักษาโรคมาลาเรียชนิดที่เกิดจากเชื้อ Plasmodium falciparum ซึ่งดื้อต่อยาชนิดอื่น เนื่องจากมีประสิทธิภาพสูงในการกำจัดเชื้อในระยะเลือด โดยเฉพาะในกรณีที่ผู้ป่วยไม่สามารถรับประทานยาได้ เนื่องจากอาการรุนแรงหรืออาเจียนบ่อย มักใช้ในรูปแบบฉีดเข้ากล้ามเนื้อหรือฉีดเข้าหลอดเลือดดำ เพื่อให้ออกฤทธิ์ได้รวดเร็วและลดอาการแทรกซ้อนจากโรค นอกจากนี้ยังเหมาะสำหรับใช้ในเด็กและผู้ใหญ่ที่มีภาวะแทรกซ้อนรุนแรงจากมาลาเรีย