เฮปตามิดีน ไดเมทาเนซัลโฟเนต ใช้ในการรักษาโรคติดเชื้อที่เกิดจากโปรโตซัวบางชนิด โดยเฉพาะโรคที่เกี่ยวข้องกับเชื้อ Trypanosoma และ Leishmania ซึ่งเป็นสาเหตุของโรคไข้เหือดและโรคผิวหนังจากปรสิต ยานี้มีฤทธิ์ยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อโดยการรบกวนกระบวนการสังเคราะห์ DNA และ RNA ของเชื้อโรค นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการใช้เฮปตามิดีน ไดเมทาเนซัลโฟเนตในรูปแบบอื่น ๆ เช่น การรักษาโรคติดเชื้อราและแบคทีเรียบางชนิด อย่างไรก็ตาม การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงต่อตับและไตได้