เมโทพรินถูกใช้หลักly เป็นยาต้านปรสิต โดยเฉพาะในการรักษาโรคทอกโซพลาสโมซิสและมาลาเรีย โดยทำงานโดยการยับยั้งเอนไซม์ไดไฮโดรโฟเลตรีดักเตส ซึ่งจำเป็นสำหรับการสังเคราะห์กรดนิวคลีอิกในปรสิต จึงป้องกันการเจริญเติบโตและการสืบพันธุ์ของปรสิต ในทางการแพทย์สัตว์ เมโทพรินถูกนำมาใช้ควบคุมการติดเชื้อปรสิตในสัตว์ นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจศักยภาพในการบำบัดมะเร็ง เนื่องจากสามารถรบกวนการเมแทบอลิซึมของโฟเลต ซึ่งสำคัญสำหรับเซลล์มะเร็งที่แบ่งตัวอย่างรวดเร็ว การประยุกต์ใช้ในงานวิจัยยังครอบคลุมการศึกษากระบวนการที่ขึ้นกับโฟเลตในระบบชีวภาพต่างๆ อย่างไรก็ตาม การใช้งานบางด้านยังอยู่ในขั้นตอนการวิจัยเพื่อยืนยันประสิทธิภาพและความปลอดภัย