โพรกวานิลเป็นสารเคมีเฉพาะทางสังเคราะห์ประเภทบิกวานิดที่ใช้หลักในการผลิตยาต้านมาลาเรียในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มักใช้ร่วมกับอะโตวาคโวน (เช่น ในยา Malarone) หรือคลอโรควิน เพื่อป้องกันและรักษาโรคมาลาเรีย โดยยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อ Plasmodium ในตับและเม็ดเลือดแดง ใช้เป็นยาป้องกันสำหรับผู้เดินทางไปยังพื้นที่เสี่ยงมาลาเรียสูง มีประสิทธิภาพในพื้นที่ที่เชื้อดื้อยาต้านมาลาเรียอื่นๆ ค่าใช้จ่ายต่ำและประสิทธิภาพสูงทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในโครงการควบคุมมาลาเรียทั่วโลก อาจใช้รักษามาลาเรียไม่รุนแรงเมื่อยาอื่นไม่เหมาะสม ในห้องปฏิบัติการและการวิจัย โพรกวานิลความบริสุทธิ์สูง (≥99%) ใช้เป็นสารเคมีทดลองสำหรับศึกษากลไกยาต้านมาลาเรีย การสังเคราะห์ยา และการทดสอบเภสัชจลนศาสตร์