เอล-อะตาบรีน ไดไฮโดรคลอไรด์ (ควีนาครีน ไดไฮโดรคลอไรด์) ใช้หลักในการรักษาและป้องกันโรคมาลาเรีย โดยยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อ Plasmodium ในเม็ดเลือดแดง ยังใช้รักษาการติดเชื้อพยาธิอื่นๆ เช่น ไกาเดีย หนอนพยาธิตัวตืด และพยาธิใบไม้ในตับ (เช่น Clonorchis sinensis) รักษาโรคภูมิต้านตนเอง เช่น ลูปัส เอริเทมาโตซัส เนื่องจากคุณสมบัติต้านการอักเสบ ใช้เป็นเครื่องมือวินิจฉัยโรคตับและท่อน้ำดี เช่น ตับอ่อนคอ ในงานวิจัย ใช้ศึกษากลไกเซลล์ เช่น autophagy และ lysosomal function โดยอาศัยคุณสมบัติเรืองแสงภายใต้แสงอัลตราไวโอเลต และการโต้ตอบของยา