เบนซาลโคเนียมคลอไรด์ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในฐานะสารฆ่าเชื้อและสารกันบูดในผลิตภัณฑ์ต่าง ๆ เนื่องจากมีประสิทธิภาพในการกำจัดแบคทีเรีย ไวรัส และเชื้อรา มักพบในผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดบ้านเรือน เช่น น้ำยาถูพื้น น้ำยาล้างจาน และน้ำยาซักผ้า นอกจากนี้ยังใช้ในผลิตภัณฑ์ดูแลส่วนบุคคล เช่น น้ำยาบ้วนปาก ยาสีฟัน และสเปรย์ดับกลิ่นกาย ในวงการแพทย์ ใช้เป็นสารฆ่าเชื้อในการทำความสะอาดผิวหนังก่อนการผ่าตัด และในน้ำยาล้างตาเพื่อป้องกันการติดเชื้อ นอกจากนี้ยังใช้ในสระว่ายน้ำเพื่อควบคุมการเจริญเติบโตของแบคทีเรียและสาหร่าย