เอทิลเมอร์คิวรีใช้เป็นสารกันเสียในวัคซีนบางชนิด เพื่อป้องกันการเจริญเติบโตของเชื้อแบคทีเรียและเชื้อรา โดยเฉพาะในวัคซีนที่บรรจุในขวดหลายโดส ซึ่งต้องใช้หลายครั้ง ทำให้วัคซีนมีความปลอดภัยและประสิทธิภาพในการป้องกันโรค นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการผลิตวัคซีนบางชนิดเพื่อช่วยในการทำให้วัคซีนมีเสถียรภาพและคงประสิทธิภาพได้นานขึ้น อย่างไรก็ตาม การใช้เอทิลเมอร์คิวรีในวัคซีนเป็นที่ถกเถียงกันในเรื่องความปลอดภัย และบางประเทศได้ลดหรือเลิกใช้สารนี้ในวัคซีนแล้ว